Решение о КТС можно оспорить жалобой вышестоящему таможенному органу или иском в арбитражный суд — обязательной досудебной стадии здесь нет, пути не исключают друг друга. На обращение в суд отведено три месяца с момента, когда декларант узнал о нарушении своих прав (ч. 4 ст. 198 АПК РФ); доказывать правомерность пересчёта должна сама таможня, а не декларант (ч. 5 ст. 200 АПК РФ) — в типичном налоговом споре распределение обратное.
Жалобу вышестоящий орган обычно рассматривает около месяца, до двух — если она подана напрямую, минуя таможню, чьё решение оспаривается. Такой путь не требует уплаты госпошлины и обычно идёт быстрее судебного разбирательства, поэтому для простых случаев логично начать именно с жалобы.
Доплаченный НДС не теряется — его принимают к вычету после постановки товара на учёт, а пени за период между выпуском и доплатой признаются законными. Срочную партию можно получить и до завершения спора — под залог или банковскую гарантию на спорную сумму.
17 июня 2026 года Президиум Верховного Суда утвердил обзор судебной практики № 9/2026 по таможенным спорам. Ключевые позиции: при сделках между связанными сторонами декларант сам доказывает, что связь не повлияла на цену; платежи за перевозку по территории России могут входить в таможенную стоимость, если по сути — часть цены товара.